华东师范大学河口海岸科学研究院成立于1957年，前身为华东师范大学河口研究室。1957年，在中国科学院的大力支持下，华东师范大学创立了我国第一个专门从事河口研究的机构——河口研究室，陈吉余出任研究室主任。1959年，在原河口研究室的基础上，成立了中科院上海地质地理研究所。该研究所由华东师范大学与中科院上海分院双重领导，下设地貌研究室和地质研究室，李春芬兼任所长，陈吉余和竹淑贞任副所长，并分别兼任地貌和地质研究室主任。1962年根据中央关于“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，撤销中国科学院上海地质地理研究所的建制，改为华东师范大学河口海岸研究室，该室列为高教部直属18个重点研究所（室）之一。1978年，经高教部批准，河口海岸研究室扩建为华东师范大学河口海岸研究所，并成立河口、海岸、沉积、遥感4个研究室，有陈吉余任所长，竹淑贞任副所长。2005年，河口海岸研究所发展成为“河口海岸科学研究院”，丁平兴教授兼任院长，陈吉余任名誉院长。

50年来，经过河口海岸几代人研究、探索、积累、传承取得一批有重要影响的创新研究成果。主要体现在：海岸带调查系列成果、长江河口过程与发育模式及其工程实践、盐水入侵和水资源利用、海岸演变与工程应用、滨海湿地生态研究、生物地区化学与生态系统整合研究等六个方面。研究院科研成果获省部级以上奖励70多项，其中我院作为主要参与单位之一的“中国海岸带和海涂资源综合调查”获国家科技进步一等奖；作为第一完成单位或省部级科技进步一等奖4项等。

研究院现在拥有自然地理学、河口海岸学、地图学与地理信息系统、海洋地质学、物理海洋学、海洋化学、生态学、环境科学以及港口、海岸及近海工程9个二级学科硕士点，自然地理学、河口海岸学、生态学和环境科学等4个二级学科博士点。用于地理学、生态学、环境科学与工程、地图学与地理信息系统4个博士后流动站。其中，地理学既是国家理科基础科学研究人才培养基地，又是上海高校一流学科（A类）。自然地理学和生态学被教育部列为国家重点学科。

近年来，学院加快学科和师资队伍建设步伐，从国内外引进人才，现有在职教师83人，含研究人员56人（教授27人，副教授15人，讲师14人，其中56人具有博士学位），技术人员12人，管理人员3人，科辅、教辅人员12人。在科技队伍中，现有中国工程院院士1人，中国科学院院士1人，长江学者特聘教授2人，国家杰出青年基金获得者2人，以及教育部有突出贡献的中青年专家、教育部跨世纪优秀人才、上海市优秀学科带头人、上海市青年科技启明星等多人。